هم زمان با کنگرهی بزرگداشت شهید والامقام دکتر محمدجواد باهنر، موزهای به نام این شهید در بیستمین سالگرد شهادتش با هدف حفظ و احیای اندیشهی ناب اسلامی و آثار به جا مانده در سال ۱۳۸۰ افتتاح شد. این موزه در خیابان شهید باهنر واقع است.