شهید باهنر در سال۱۳۱۲ دریکی از قدیمیترین محلههای کرمان به نام «محلّهی شهر» در خانوادهای بسیار ساده، پا به عرصهی هستی نهاد. وی در بین هشت خواهر و برادر، دومین فرزند بود و تحصیل علم را از پنج سالگی با رفتن به مکتب آغاز کرد، و نزد بانوی متدّینی قرآن را آموخت و درسهای معمول آن روزگار را هم در همان مکتب نزد فرزند آن بانوی متدینه، آقای حقیقی، که از طلاّب حوزهی علمیه کرمان بود، فرا گرفت.
شهید باهنردر یازده سالگی، با راهنمایی حجتالاسلام حقیقی وارد مدرسهی معصومیه کرمان شد و تحصیلات دینی را تا حدود «سطح» به انجام رسانید. بعد از مدتی به شهر قم رفت، در مدرسهی فیضیه ساکن شد و از محضر اساتید بزرگی چون، امام خمینی (ره) در دو درس فقه و اصول، کسب فیض کرد، همچنین از محضر بزرگانی چون آیت الله بروجردی و علاّمه طباطبایی استفاده نمود. در سال ۱۳۳۳ (اولین سال ورود به قم) دیپلم علمی قدیم را اخذ کرد و بعد از چندی وارد دانشکدهی الهیّات دانشگاه تهران شد و تحصیلات دانشگاهی را شروع کرد. درحالی که ساکن قم بود، هفتهای یکی، دو بار عازم تهران میشد و به این ترتیب، در سال۱۳۳۷دورهی لیسانس را به پایانرسانید سپس برای ادامهی تحصیل در دانشکدهی الهیّات و اخذ دکتری در رشتهی مزبور در تهران مقیم شد و طی یک دورهی دوساله، مدرک فوق لیسانس امورتربیتی را نیز، از دانشکدهی ادبیات دانشگاه تهران کسب کرد. وی در سالهای قبل ازانقلاب اسلامی در وزارت آموزش و پرورش مسئولیت نوشتن کتابهای دینی را به عهده داشت و غیر از عضویت در شورای انقلاب برای تأسیس کانون توحید و دفتر نشر فرهنگ اسلامی همکاری مستمر داشت. آخرین مسئولیتی که از طرف امام (ره) به وی واگذار شد مسئولیت کمیتهی تنظیم اعتصابات بود.
در آستانه انقلاب اسلامی، شهید دکتر باهنر فعالیت گستردهای در زمینه پیشبرد اهداف انقلاب اسلامی آغاز نمود و پس از پیروزی انقلاب اسلامی و در سال ۱۳۵۷ که حزب جمهوری اسلامی تشکیل شد، وی به دبیر کلی حزب مزبور برگزیده شد.
شهید دکتر محمدجواد باهنر در سال ۱۳۶۰ به دنبال برکناری بنی صدر از مقام ریاست جمهوری و انتخاب شهید رجایی به ریاست جمهوری، به عنوان نخست وزیر به مجلس شورای اسلامی معرفی و مجلس به نخست وزیری وی و وزرای پیشنهادی ایشان رای اعتماد داد.
و سرانجام در شهریور ۱۳۶۰ که دفتر ریاست جمهوری توسط منافقین کور دل منفجر شد، رئیس جمهور و نخست وزیر و عدهی دیگر به شهادت رسیدند و پیکر پاک شهید دکتر باهنر و شهید رجائی در گلزار شهداء بهشت زهرا دفن گردید.
در مورد آثار علمی و تألیفات شهید دکتر باهنر باید به این نکته اشاره کرد که وی علاوه بر تهیه و تدوین کتب دینی که حدود ۳۰ جلد میباشد، تألیفاتی نیز در زمینه مسایل اسلامی، شناخت اسلام و نیز مقالاتی پیرامون آموزشهای تربیتی و دینی از خود به یادگار گذاشته است و به علاوه سخنرانیهای ایشان در موضوعات مختلف توسط دفتر نشر فرهنگ اسلامی به صورت کتاب در آمده، از جمله: ۱ـ گفتارهای تربیتی ۲ـ فرهنگ انقلاب اسلامی ۳ـ جهان در عصر بعثت ۴ـ انسان و خودسازی ۵ـ گذرگاههای الحاد ۶ـ مواضع ما در ولایت و رهبری ۷ـ عقاید و اخلاق اسلامی.
شهید باهنر با کمک دوستان خود از جمله آقایان، هاشمی رفسنجانی، حجتی کرمانی و مهدوی کنی، فعّالیّتهای مطبوعاتی خود را شروع و از سال۱۳۳۶ سالنامه و سپس فصلنامهای منتشر کرد که بعد از هفت شماره توقیف شد. شهید باهنر در طول مبارزاتش علیه رژیم شاهنشاهی، در چند نوبت دستگیر و روانهی زندان شد.